芝加哥大学主要有以下学系：天文与天体物理系、化学系、计算机科学系、地球物理系、数学系、物理系、统计系、人类学系、人类比较发展学系、历史系、经济系、政治科学系、心理系、社会思想系、社会学系。
芝加哥大学学院设置：
芝加哥大学的学术单位主要包括本科学院部（Undergraduate College）、4所研究生院（Graduate Schools）、7所职业学院（Professional Schools）和附属学校等。
1、本科学院部：
芝加哥大学本科学院（Undergraduate College）提供50个主修专业和28个辅修专业的理学学士和文学学士。学制四年，大致分为自然科学、生命科学、人文科学、社会科学和交叉学科五个方向。
2、学术型研究生院：
研究生院（Graduate Schools）分为四个学部，包括数理学部（Physical Sciences Division）、生物学部（Biological Sciences Division）、人文学部（Humanities Division）、社会科学部（Social Sciences Division）。
3、职业型研究生院：
法学院（Law School）、布斯商学院（Booth School of Business）、普利兹克医学院 （Pritzker School of Medicine）、哈里斯公共政策学院（Harris School of Public Policy Studies）、神学院（Divinity School）、社会服务管理学院（School of Social Service Administration，SSA）、格雷厄姆职业学院（Graham School of Continuing Liberal and Professional Studies）。
材料补充：
芝加哥大学（The University of Chicago，简称UChicago、“芝大”）由石油大王约翰·洛克菲勒于1890年创办，坐落于美国金融中心芝加哥，是一所私立研究型大学，全球大学校长论坛成员，入选英国政府“高潜力人才签证计划”。
芝大第一任校长哈珀首创了季制学期并沿用至今，一学年分为四季，全年无休的课程制度让学生可以自由的安排学术计划，每分每秒都不被浪费。夏季（六月至八月）、秋季（九月至十二月）、冬季（一月至三月）、春季（四月至六月）。学年通常在九月下旬开始，并在六月月中旬结束。学校在每个季度结束后均组织一次毕业典礼。
芝大要求本科生修满15门核心课程，熟练掌握一门外语，通过游泳测试，以及最多三门体育课（根据入学情况）。在修完指定的核心课程学分后，学生在大三大四可以依自己的兴趣与期望，专攻校方所提供的五大系，50个主修专业和28个辅修专业，而学生在日后所获得的校方文凭认定，就是根据他们在大学后两年所专攻的专业领域。
芝加哥大学的校训译成中文是“益智厚生”，意思是“提升知识，以充实人生。”（拉丁文原文是："Crescat scientia；vita excolatur"。英译："Let knowledge grow from more to more；and so be human life enriched"）。